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3DdataConstruction のテスト実行

概要

myPrestoの3DdataConstruction(CUIでsdfをmol2に変換するツール)を弊社の環境で試した際の手順資料です。

検証環境

検証日:2016/11/01
OS:CentOS 6.8

コンパイル手順

  1. 下記URLのmyPrestoのWebより3DdataConstraction151110.tar.gzをダウンロードします。

    http://presto.protein.osaka-u.ac.jp/myPresto4/index.php?lang=ja


  1. 端末で下記コマンドを実行し、カレントディレクトリを3DdataConstraction151110.tar.gzのファイルの場所に移動します。

    cd <3DdataConstraction151110.tar.gzのあるフォルダのパス>


  1. 端末で下記コマンドを実行し、DdataConstraction151110.tar.gzのファイルを解凍します。

    tar xf 3DdataConstraction151110.tar.gz


  1. 続いてコンパイルを行いますが、gccによるコンパイルを行う場合、yumのパッケージにデフォルトで含まれているgccはバージョンが古く、下記のエラーが出ることがあります。Devtoolsetのより新しいバージョンのgccを使うことでこの問題を回避できます。(DevtoolSetのgccのインストール)

    Error: Old-style type declaration REAL*16 not supported at (1)


  1. 端末で下記コマンドを実行し、カレントディレクトリを3DdataConstactionのbinに移動します。

    cd 3DdataConstruction151110/bin/


  1. 端末で下記コマンドを実行し、3DdataConstruction151110のフォルダ下にあるプログラムをコンパイルします。

    ./install.sh

テスト実行

  1. 端末で下記コマンドを実行し、カレントディレクトリを3DdataConstruction151110/MOLDB/binのフォルダに移動します。

    cd ../MOLDB/bin

    注釈

    コンパイル手順の6を実行した直後を想定しています。状況に応じてフォルダのパスを書き換えてください。


  1. テスト実行のため、ChEMBLのsdf(ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/releases/chembl_01/chembl_01.sdf.gz)を解凍し、冒頭100個の化合物を下記コマンドで抽出します。

    cd <chembl_01.sdf.gzをダウンロードしたフォルダ> ...CurrentDirの移動

    gunzip chembl_01.sdf.gz ...gz解凍

    head -n 5730 chembl_01.sdf > chembl_01_extract100.sdf ...冒頭100個の化合物抽出

    mv chembl_01_extract100.sdf <3DdataConstruction151110/MOLDB/binのフォルダ> ...sdfをbinに移動

    cd <3DdataConstruction151110/MOLDB/binのフォルダ> ...CurrentDirbinに移動


  1. 端末で下記コマンドを実行し、create3d.plを実行します。outputのmol2ファイルはカレントディレクトリに作成されます。

    ./create3d.pl -isdf chembl_01_extract100.sdf --wkdir work --source test --supplier test --idtag test --multi off