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LocalでMPIを使ったMD計算をしたい

Windows版 検証環境

検証日:2016/11/08
OS:Windows10
MS MPI Version:7.1.12327.25

Windows版 MS MPIのインストールと実行

  1. 下記でMS MPIのMSMpiSetup.exeをダウンロードします。

    https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=52981


  1. ダウンロードしたインストーラをダブルクリックして実行します。

    _images/LocalMDUsingMPI1.png

    以下はインストーラ起動後の図です。インストールの設定はデフォルトのままで問題ありません。

    _images/LocalMDUsingMPI2.png _images/LocalMDUsingMPI3.png _images/LocalMDUsingMPI4.png _images/LocalMDUsingMPI5.png _images/LocalMDUsingMPI6.png

  1. MF myPrestoで、水付加/イオン付加/トポロジーファイル作成が済んだデータを用意します。

  1. MF myPrestoの[MD]のタブで[Min]/[MD]いずれかのボタンをクリックします。

  1. 開いたダイアログで[プロセス]のタブを開きます。

  1. プロセスの種類で[Cosgene ロカールPC]を選びます。

  1. [MPIを使う]をチェックします。

  1. [プロセス数]に並列数を入力し、[MPIバイナリーディレクトリーパス]にMS MPIをインストールしたフォルダにあるBinフォルダのパスを設定します。

    _images/LocalMDUsingMPI7.png

    並列計算しているかどうかはWindowsのタスクマネージャーから確認できます。下図赤枠は4並列でMDのプログラム(cosgene_MPI)を起動した例です。

    _images/LocalMDUsingMPI8.png