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Manajaro Linux を使った計算環境の構築

検証環境

検証日:2016/12/12
クライアントPCのOS:Windows 10
計算用PCのOS:Manjaro Linux 16.10.3

概要

Linuxのディストリビューション「Manajaro」をMF myPrestoの計算用のPC(MDやスクリーニングのジョブを投げるPC)としてセットアップする手順をご紹介します。 MDの並列計算に使うOpenMPIと、スクリーニングのジョブスケジューラとして使うTorqueなどをインストールします。手順は以下のとおりです。

run_prog.pyの変更(クライアントPC側のファイルの置換)

MF myPrestoのインストールフォルダにあるrun_prog.pyを以下のリンクからダウンロードできるファイルに置き換えます。

data/run_prog.py

Windowsでデフォルトの設定のままMF myPrestoをインストールした場合、ファイルを置く場所は以下のとおりです。

C:\Program Files\FiatLux\MF myPresto 3\common


sshdのサービスの確認

デフォルトの設定の場合、sshdが稼働していません。ターミナルエミュレーターを開き以下のコマンドでsshdが稼働しているかどうかを確認できます。

systemctl status sshd

稼働していない場合はrootで以下のコマンドを実行します。

systemctl enable sshd

systemctl start sshd


cosgene_MPI

注釈

cosgene_MPIをコンパイルしたMPIと、インストールしたMPIのバージョンは合わせる必要があります。


  1. Manajaroにコンパイルしたcosgene_MPIのバイナリを置きます。

    注釈

    cosgene_MPIのファイルに実行権限がない場合は、以下のコマンドをターミナルエミュレーターで実行します。

    chmod +x <cosgene_MPIのパス>


  1. クライアントPCでMF myPrestoの[ファイル]メニュー→[オプション]を開き、cosgene_MPIのバイナリを置いたManjaro側のパスを設定します。

    _images/Manjaro13.png

OpenMPIとtcshのインストール

  1. Manajaroのメニューから[ソフトウェアの追加と削除]を選びます。

    _images/Manjaro2.png

  1. 表示されたダイアログで[openmpi]と検索・チェックし、[適用]ボタンをクリックします。

    _images/Manjaro4.png

  1. [コミット]ボタンをクリックします。

    注釈

    パスワードを聞かれる場合はrootアカウントのパスワードを入力します。

    _images/Manjaro5.png

  1. 同様の手順で、手順2を[tcsh]に変更し、tcshもインストールします。

注釈

デフォルトの場合、MF myPrestoの[MPIバイナリパス]に設定するパスは「/usr/bin」になります。MPIタイプは[OpenMPI]を選びます。

Torqueのインストール

  1. Manajaroのメニューから[ソフトウェアの追加と削除]を選びます。

    _images/Manjaro2.png

  1. 下図赤枠のメニューをクリックし、[設定]を選びます。

    _images/Manjaro6.png

  1. 表示されたダイアログで[AUR]タブをクリックします。

    _images/Manjaro7.png

  1. [AURのサポートを有効にする]をONにします。下図のように赤枠メニューの設定に変更し、ダイアログを閉じます。

    _images/Manjaro8.png

  1. AURのタブで[torque]を検索・チェックし、[適用]ボタンをクリックします。

    _images/Manjaro9.png

  1. [コミット]ボタンをクリックします。

    注釈

    パスワードを聞かれる場合はrootアカウントのパスワードを入力します。

    注釈

    ソースコードのコンパイルも同時に行われますので、インストールに時間がかかります。


  1. 下図の画面が表示されますので、[PKGBUILDを編集しますか?]という内容に対してYを入力し、Enterキーを押します。(下図赤枠) 編集するエディタを聞かれる場合は、システムにインストールされているテキストエディタを指定してください。(下図青枠)

    _images/Manjaro10.png

  1. 下図の赤枠の文を追記し、設定ファイルのサービスに関するsystemdに置くファイルをコピーするように変更します。編集後は保存してエディタを閉じます。

    _images/Manjaro11.png

  1. 下図のように入力し、コンパイルを再開します。

    _images/Manjaro12.png

    注釈

    コンパイル途中にパスワードを聞かれる場合はrootアカウントのパスワードを入力します。


Torqueの設定

注釈

/etc/hostsに「127.0.01 localhost」という行とは別に「127.0.1.1 <hostname>」という行があると正常に動作しません。その場合hostsを「127.0.0.1 localhost <hostname>」と変更します。ただし<hostname>に固定IPが割り当てられている場合は「<固定IP> <hostname>」と書きます。

  1. 以下のスクリプトをダウンロードします。

    data/setup_torque_Manjaro.sh


  1. ターミナルエミュレーターで下記のコマンドを実行し、スクリプトに実行権限を付与します。

    cd <setup_torque_Manjaro.shのファイルがあるフォルダのパス>

    chmod +x setup_torque_Manajaro.sh


  1. 下記コマンドでスクリプトを実行します。

    su

    ./setup_torque_Manjaro.sh


  1. 下記コマンドを入力し「state = free」と表示されればセットアップ完了です。

    pbsnodes -a