プローブ点の作成
この項の概要
この項ではプローブ点の作成機能の操作手順を説明します。ポケットの位置が判明している場合は、(ポケット予測機能を使用せず)この機能を使って、プローブ点をGUIから手作業で指定できます。
系のトポロジーファイルを作成後、[プローブ点の作成]ボタンをクリックします。
Note
この操作は水やカウンターイオンを付けずに行います。
ポケット(プローブ点を作成する位置)をシーンウィンドウの透明な球体のドラッグ操作、またはダイアログに座標と半径を入力して指定します。
[OK]ボタンをクリックして、プローブ点を作成します。
Note
レセプターに対して、既知の配位しているリガンドの分子構造がある場合、そのリガンドの構造自体をプローブ点として使うことも有効です。その場合、MF myPrestoの[ファイル]→[開く]のメニューにて、データ形式を[Sievgene pocket]に切り替え、リガンドの構造(PDBファイル)をプローブ点のデータとして読み込みます。