リガンドの構造最適化

この項の概要

この項ではリガンドの構造のみ、構造最適化を行う操作手順を説明します。

  1. ツリービューやシーンウィンドウで対象の分子をクリックします。

    _images/Minimize1.png

    図1:ツリービュー/シーンウィンドウの分子のクリック

    Note

    当操作を行う前に必ずリガンドに水素を付けてください。


  1. [構造最適化]ボタンをクリックし、[Minimize]/[MD] のいずれかを選ぶと、リガンドの構造のみ(決まったパラメータで)構造最適化/ＭＤを行います。

    _images/Minimize2.png

    図2:[構造最適化]のクリック

    Note

    [Default charge]がON場合は、構造最適化に割当済みの電荷を使用します。[Gasteiger charge]がONの場合は、構造最適化前にGasteiger法による電荷計算が行われます。

    Note

    [Cosgene fix atom]がON場合は、リガンドの周囲にあるアミノ酸の形状も踏まえて、リガンドの構造最適化が行われます。