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創薬支援ソフト MF myPresto 詳細

MF myPrestoのさまざまな機能と動作環境についてご紹介します。

分子編集機能

  1. 原子座標の並進、回転移動
  2. 原子データのコピー/カット/ペースト
  3. 分子構造のクリッピング表示
  4. リガンドの新規作成と編集
    • 原子や結合の追加と削除
    • 原子種の変更
    • 結合次数の変更
    • リガンドのみの構造最適化
    • 電荷計算
  5. 残基編集
    • Alternate location indicatorの選択
    • 主鎖原子が欠損している残基の削除
    • 保護基の付加
    • SSBOND行の追加
    • 金属に配位するCYSをS-解離型CYSに置換
    • 近接原子の補正
    • 直行する二面角の補正
  6. 水素原子や欠損原子の追加
  7. 溶媒付加
    • 溶媒モデルの選択(TIP3P、直方体/球)
  8. カウンターイオン付加(生理食塩水濃度)
  9. トポロジーファイルの作成
    • タンパク質、核酸、リガンド(MOL2)複合データのトポロジーファイルの作成

エネルギー極小化計算/MD計算

  1. ローカル環境、もしくはSSHとMPIを使い、計算サーバー上でマルチコアによる計算が可能(OpenMPI/MPICH2/IntelMPI)
  2. 計算実行中の構造を視覚的に確認可能
  3. 位置拘束、原子間距離の拘束
  4. 境界条件(球/楕円/周期境界)
  5. 設定ファイルの保存、読み込み
  6. リスタート計算(MD計算)
  7. 座標トラジェクトリの出力(MD計算)
  8. エネルギートラジェクトリの出力(MD計算)

トラジェクトリ解析

  1. 座標トラジェクトリのアニメーション表示
  2. 座標トラジェクトリのデータ読込・出力
    • 読込: myPresto cosgene/DCD/Amber/Gromacs
    • 出力: myPresto cosgene/DCD/Amber/Gromacs
  3. 指定フレームの分子構造のファイル出力
  4. 指定した原子の各フレームの座標/原子間距離/角度/2面角/RMSDをテキスト出力
  5. エネルギートラジェクトリをgnuplot/CSV(コンマ区切り)形式でファイル出力

ドッキングシミュレーション

  1. リガンドフレキシブルドッキング
  2. 受容体ポケットの位置をグラフィカルに指定可能
  3. マウスクリックによるプローブ点の削除
  4. 複数のリガンドを1度にドッキング計算し結果を描画
  5. 受容体ポケット/グリッドポテンシャル/リガンドの構造データをファイル出力
  6. ドッキングの結果のソート
  7. 不要な結果の削除

in-silicoスクリーニング

  1. MTS法、機械学習MTS法、機械学習DSI法による200万化合物を使ったスクリーニング計算
    (計算サーバー側にLSF/OpenLavaいずれかのインストールが必要です。OpenLavaの設定手順はこちら)

合成容易性評価

  1. myPrestoのSyntheticAccessibilityのプログラムを使ったリガンドの合成容易性の予測

MF myPresto 動作環境

OS

Windows 7/8/8.1

Mac OS X 10.6以降

Cent OS 6
Red Hat Enterprise Linux 6

CPU

Intel Core 2 2.0GHz 同等以上

メモリ

2GB以上

ハードディスク

200MB以上

ただし、計算出力保存用に別途数百GB

ネットワーク

Gigabit Ethernet