電荷計算
この項の概要
この項ではリガンドに原子タイプ/結合タイプ/電荷を割り当てる操作手順を説明します。これらのパラメーターは、シミュレーションの際、リガンドに力場を割り当てる時などに使用されます。
ツリービューやシーンウィンドウで対象の分子をクリックします。
Note
当操作を行う前に必ずリガンドに水素を付けてください。
[電荷計算]ボタンをクリックし、[Gasteiger][Mopac AM1] のいずれかを選ぶと、計算が開始されます。(計算は数秒ほどで終了します)
Note
PDBに含まれるリガンドには、電荷の情報や、mol2ファイルの原子タイプ/結合タイプの情報がありません。リガンドに力場を割り当てるプログラム(tplgeneL)はこれらのパラメーターからトポロジーファイルを作成しており、パラメーターが未割当の場合は、各種シミュレーションの前に、当機能でパラメーターを正しく割り当てる必要があります。