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電荷計算

この項の概要

この項ではリガンドに原子タイプ/結合タイプ/電荷を割り当てる操作手順を説明します。これらのパラメーターは、シミュレーションの際、リガンドに力場を割り当てる時などに使用されます。

  1. ツリービューやシーンウィンドウで対象の分子をクリックします。

    _images/CalculateCharge1.png

    図1:ツリービュー/シーンウィンドウの分子のクリック

    Note

    当操作を行う前に必ずリガンドに水素を付けてください。


  1. [電荷計算]ボタンをクリックし、[Gasteiger][Mopac AM1] のいずれかを選ぶと、計算が開始されます。(計算は数秒ほどで終了します)

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    図2:[電荷計算]のクリック

    Note

    PDBに含まれるリガンドには、電荷の情報や、mol2ファイルの原子タイプ/結合タイプの情報がありません。リガンドに力場を割り当てるプログラム(tplgeneL)はこれらのパラメーターからトポロジーファイルを作成しており、パラメーターが未割当の場合は、各種シミュレーションの前に、当機能でパラメーターを正しく割り当てる必要があります。