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Minimize/MD

この項の概要

この項ではMinimize(エネルギー最小化)、MDを行う手順を説明します。

  1. エネルギー最小化を行う場合は[Minimize]、MD計算を行う場合は[MD](下図赤枠)のボタンをクリックします。

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    図1:[Minimize][MD]のクリック


  1. シミュレーションのパラメータを設定します。ダイアログの[設定]のタブで主なパラメータを設定します。[詳細設定]をクリックするとより詳細な設定が行えます。MD計算中の分子構造(座標トラジェクトリ)を出力する場合は[詳細設定]→[出力設定]→[座標トラジェクトリファイル形式]を変更し、座標トラジェクトリを書き出す必要があります。

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    図2:[Minimize][MD]の設定ダイアログ


  1. [実行]ボタンをクリックし、計算を開始します。

    Note

    計算途中でMF myPrestoを終了する場合、Workspaceファイルとして保存しておくと、次回起動時に計算途中から復帰できます。

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    図3:[実行]のクリック


Minimize/MDの[プロセス]タブの設定について

Note

並列計算を行う場合は下記の設定が必要になります。原子数が多い場合や、ループ数が多い場合は、MPIを使い並列計算することをお勧めします。

  • [プロセス]タブのメニュー上部にある[プロセスの種類]のメニューで、SSHを使いJOBを投げるか、ローカルで計算するかを選択できます。

    ローカルで使用できるMPI:

    Windows

    Microsoft MPI

    Mac

    HomeBrew,MacPortのMPICH

    SSHを使って使用できるMPI:

    CentOS

    MPICH,OpenMPI,IntelMPI


  • [プロセス]タブの[SSH]のタブでは下図赤枠のホスト名(またはIPアドレス)、LinuxPCのアカウント名、LinuxPCのパスワード、SSHに使用するポート番号を設定します。

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    図4:[Minimize][MD]設定ダイアログ、[プロセス]タブの[SSH]タブの設定


  • [プロセス]タブの[MPI]のタブでは下図赤枠のMPIタイプ(使用するMPIの種類)、プロセス数(並列計算の並列数)、MPIバイナリパス(MPIのプログラムが含まれているフォルダのパス)を設定します。

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    図5:[Minimize][MD]設定ダイアログ、[プロセス]タブの[MPI]タブの設定