Minimize/MD
この項の概要
この項ではMinimize(エネルギー最小化)、MDを行う手順を説明します。
エネルギー最小化を行う場合は[Minimize]、MD計算を行う場合は[MD](下図赤枠)のボタンをクリックします。
シミュレーションのパラメータを設定します。ダイアログの[設定]のタブで主なパラメータを設定します。[詳細設定]をクリックするとより詳細な設定が行えます。MD計算中の分子構造(座標トラジェクトリ)を出力する場合は[詳細設定]→[出力設定]→[座標トラジェクトリファイル形式]を変更し、座標トラジェクトリを書き出す必要があります。
[実行]ボタンをクリックし、計算を開始します。
Note
計算途中でMF myPrestoを終了する場合、Workspaceファイルとして保存しておくと、次回起動時に計算途中から復帰できます。
Minimize/MDの[プロセス]タブの設定について
Note
並列計算を行う場合は下記の設定が必要になります。原子数が多い場合や、ループ数が多い場合は、MPIを使い並列計算することをお勧めします。
[プロセス]タブのメニュー上部にある[プロセスの種類]のメニューで、SSHを使いJOBを投げるか、ローカルで計算するかを選択できます。
ローカルで使用できるMPI:
- Windows:
Microsoft MPI
- Mac:
HomeBrew,MacPortのMPICH
SSHを使って使用できるMPI:
- CentOS:
MPICH,OpenMPI,IntelMPI
[プロセス]タブの[SSH]のタブでは下図赤枠のホスト名(またはIPアドレス)、LinuxPCのアカウント名、LinuxPCのパスワード、SSHに使用するポート番号を設定します。
[プロセス]タブの[MPI]のタブでは下図赤枠のMPIタイプ(使用するMPIの種類)、プロセス数(並列計算の並列数)、MPIバイナリパス(MPIのプログラムが含まれているフォルダのパス)を設定します。