_images/logo.png




スクリーニング

この項の概要

この項ではスクリーニング機能の操作手順について説明します。

Note

スクリーニング機能には計算用のLinux PCが必要です。また、Torque等のジョブ管理システムと、スクリーニング用の分子データ(産業技術総合研究所が配布している下図のデータ)のインストールが必要になります。

_images/Screening1.png

図1:スクリーニング用の分子データ


実行手順は下記の通りです。

  1. トポロジーファイルとプローブ点を作成した分子データを用意します。

    Note

    DSI法で計算を行う場合、当手順は不要です。


  1. [スクリーニング]ボタンをクリックします。

    _images/Screening2.png

    図2:[スクリーニング]のクリック


  1. 計算用PCに接続するためのSSHの設定を入力後、[既存の作業領域を開く]または[新しい作業領域を作成する]を選び、[検索]または[作成]ボタンをクリックします。

    _images/Screening3.png

    図3:[作成]のクリック

    Note

    計算途中でMF myPrestoを終了する場合、Workspaceファイルとして保存しておくと、次回起動時に計算途中から復帰できます。


  1. [タンパク質のリストの準備]タブが表示されますので、[追加]ボタンからタンパク質を追加し、[次へ]ボタンをクリックします。

    _images/Screening4.png

    図4:[追加]のクリック

    Note

    ジョブ管理システムの種類を選択する場合は、上図の画面で[ホスト]タブから行います。デフォルトではLSF/OpenLavaを使うようになっています。

    Note

    DSI法の場合は[DSI法を実行する]にチェックします。ワークスペースに同じ名前の分子がある場合、エラーになりますので、エラーが出る場合は分子の名前をプロパティビューなどで変更してください。


  1. [低分子リストの準備]タブが表示されますので、既存の候補化合物や機械学習用の既知活性化合物がある場合は[追加]ボタンをクリックします。[リガンドグループの追加]ダイアログが表示されますので[候補化合物][既知活性化合物]のいずれかをチェックし、[追加]ボタンからmol2ファイルのあるフォルダを選びます。設定後に[次へ]ボタンをクリックします。

    _images/Screening5.png

    図5:[リガンドグループの追加]の[追加]ボタンでmol2ファイルがあるフォルダを指定する例

    Note

    [リガンドグループの追加]ダイアログの[グループ名]には任意の名前を設定します。


  1. [相互作用行列データの準備]タブで、[新規スコアの計算]→[開始]の順にボタンをクリックすると相互作用行列の計算を開始します。

    _images/Screening6.png

    図6:[開始]のクリック

    Note

    計算にはしばらく時間がかかります。計算終了後は自動で[スクリーニングの実行]のタブに遷移します。


  1. [スクリーニング実行]タブでパラメータを設定し、[スクリーニングの実行]ボタンをクリックします。

    _images/Screening7.png

    図7:[スクリーニング実行]のクリック

    Note

    計算にはしばらく時間がかかります。計算終了後は[スクリーニング結果]のダイアログが表示されます。


  1. [スクリーニング結果]のダイアログが非表示の場合は[スクリーニング]タブの[結果]のボタンから表示できます。[スクリーニング結果]のダイアログのリストで項目を選択し、 icon のボタンをクリックすると、構造と化合物のIDをワークスペースに読み込みます。

    _images/Screening8.png

    図8:スクリーニング結果のダイアログの例

    Note

    化合物のIDを使ってナミキ商事やキシダ化学から実際の試薬を購入できます。