イオン付加
リボンの［MD］タブの［イオン付加］ボタンをクリックすると、サムネイルビューで現在選択されているシーンに対して、カウンターイオンが付加されます。
イオンを付けるプログラムadd_ionは設定値に応じて、水をイオンに置換します。水が無い場合はイオンを付けることができません。また、タンパク質・核酸・リガンドの末端に水素が付いていない場合は正常に動きません。
add_ionの設定
リボンの［MD］タブの［イオン付加］グループの右下隅にある［オプション］ボタン
をクリックすると、［add_ionの設定］ダイアログが開きます。ダイアログ中のコンボボックスでイオンの付け方を選んで設定できます。
初期状態では、[in human blood plasma (154mM/Na+,4mM/K+,158mM/Cl-)]が選択されています。
[direct input of No of ions]を選んだ場合は、Na+とK+とCL-の数を入力して設定できます。
[minimum No of ions to neutralization]を選んだ場合は、myPrestoのadd_ionのプログラムにより、系の電荷を中和する必要最低限の数のイオンが自動で付加されます。
[in human blood plasma (154mM/Na+,4mM/K+,158mM/Cl-)]を選んだ場合は、ヒト血漿中のイオンのモル濃度になるように付加します。
[in human cell (10mM/Na+,100mM/K+,110mM/Cl-)]を選んだ場合は、ヒト細胞中のイオンのモル濃度になるように付加します。
[in bacteria (10mM/Na+, 200mM/K+, 210mM/Cl-)]を選んだ場合は、細菌中のイオンのモル濃度になるように付加します。
[input densities of Na+,K+ and Cl- in mM]を選んだ場合は、Na+とK+とCL-のモル濃度を入力して設定できます。
[input %densities of Na+,K+ and Cl-(100mM=0.18015%)]を選んだ場合は、Na+とK+とCL-の％濃度を入力して設定できます。
