力場パラメータの選択

リボンの［MD］/[ドッキング]/[スクリーニング]タブの［tplgeneXの実行］ボタンの右下にある、またはリボンの［タンパク質編集］タブの［Hを生やす］ボタンの右下にある、［オプション］ボタンをクリックすると［tplgeneXの設定］ダイアログが開きます。

ここでトポロジーデータの生成に利用する力場ファイルを選択します。

選択可能な主な力場は以下のとおりです。

この一覧以外の力場パラメータを使用したい場合は、［tplgeneX DB directory］コンボボックスに使用したい力場パラメータの含まれているフォルダーのパスを入力します。フォルダーに含まれる拡張子が.tplのファイルがアミノ酸分子コンボボックスと核酸分子コンボボックスに列挙されますので、使用したいファイルを選択してください。

力場パラメータファイルは、myPrestoのパラメータファイルの書式に従う必要があります。

実行

tplgeneX実行の準備がおわったら、［tplgeneXの実行］ボタンをクリックします。

tplgeneXの処理はバックグラウンドでおこなわれます。途中で処理を中断したい場合は、［停止］ボタンをクリックします。

　処理の対象となる分子データの分子量が多くなるほど、多くの時間を要します。

　原子数が14万を超える処理はエラーとなります。

完了

tplgeneXの処理が正常に完了すると、トポロジーデータが対象の分子データの下に生成されます。

同時にtplgeneXのログデータも生成されます。

異常終了した場合はトポロジーデータは生成されず、tplgeneXのログデータだけ生成されます。

［ログ］ボタンをクリックすると、ログとトポロジーデータの情報が表示されます。

ここで、各分子鎖の順番がどうなっているか、生成された分子の数などを確認できます。