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プローブ点の作成

この項の概要

この項ではプローブ点の作成機能の操作手順を説明します。ポケットの位置が判明している場合は、(ポケット予測機能を使用せず)この機能を使って、プローブ点をGUIから手作業で指定できます。

  1. 系のトポロジーファイルを作成後、[プローブ点の作成]ボタンをクリックします。

    Note

    この操作は水やカウンターイオンを付けずに行います。

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    図1:[プローブ点の作成]のクリック


  1. ポケット(プローブ点を作成する位置)をシーンウィンドウの透明な球体のドラッグ操作、またはダイアログに座標と半径を入力して指定します。

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    図2:GUIによるポケット(プローブ点を作成する位置)の指定


  1. [OK]ボタンをクリックして、プローブ点を作成します。

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    図3:[OK]のクリック

    Note

    レセプターに対して、既知の配位しているリガンドの分子構造がある場合、そのリガンドの構造自体をプローブ点として使うことも有効です。その場合、MF myPrestoの[ファイル]→[開く]のメニューにて、データ形式を[Sievgene pocket]に切り替え、リガンドの構造(PDBファイル)をプローブ点のデータとして読み込みます。