ドッキングシミュレーション
この項の概要
この項ではドッキングシミュレーションの操作手順を説明します。
[ドッキングシミュレーション]のボタンをクリックします。
Note
この操作はグリッドポテンシャル作成後に行います。
[ドッキング対象]のタブで、mol2ファイルや、MF myPrestoのWorkspaceで作成した分子構造から、ドッキングシミュレーションに使うリガンドの構造を選びます。
[設定]タブで、myPrestoのマニュアルで紹介されている推奨設定([Fast][Precise][Moderate])、もしくは[カスタム設定]を選び、ドッキングシミュレーションのパラメータを設定します。
Note
[カスタム設定]の場合はユーザーが独自のパラメータを設定できます。
[実行]ボタンをクリックし、計算を開始します。
結果タブについて
[結果]のタブでドッキングシミュレーションの結果を確認できます。
結果は名前順とスコア順でソートできます。
チェックボックス(下図赤枠)でシミュレーション結果の構造の表示・非表示を切り替えることができます。
下図赤枠の [書き出し]をクリックすると、計算結果のリガンドの構造をmol2などに書き出します。[複合体の作成] をクリックすると新しくシーンを作成し、作成したシーンにタンパク質-リガンドの複合体構造を書き出します。ゴミ箱のボタンをクリックすると不要な結果を削除します。