VR(バーチャルリアリティ)
分子構造共有ソフトウェア

MolCollabo

MolCollaboはタンパク質や核酸等の生体分子をヘッドマウントディスプレイに立体表示し、VR体験できるソフトウェアです。Unity用の開発キットが付属しており、ユーザー側で機能拡張も行えます。(※PC画面のみで操作することも可能です)

製品概要

MolCollaboはタンパク質や核酸等の生体分子をヘッドマウントディスプレイに立体表示し、VR体験できるソフトウェアです。
VR空間をネットワーク通信でつなぐことで、表示された分子構造を遠隔地を含め複数人で共有して見ることができ、構造解析や分子シミュレーションの研究者とのコミュニケーションを円滑化します。PC画面のみでの設定/操作も可能です。
ゲーム開発エンジンUnity用の開発キット (Asset) が付属しており、ユーザー側で機能拡張ができるため、教材の作成や研究素材にも最適です。

カタログ

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評価版

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関連資料

トーゴーの日シンポジウム2019 神奈川工科大学様 ポスター JSST Workshop & NIFS一般共同研究研究会
先進的描画技術を用いた可視化情報の研究会(VR2020)
「MolCollaboのSDKを活用した COVID-19関連 VR可視化教材の作成」
防衛大学校 萩田先生 発表資料

製品紹介動画

製品紹介資料

機能

はv2以降の新機能、は既存の機能の更新点です。

ファイルのサポート

分子データの読み込み

  • .cif(mmCIF)/.pdb/.mol2(Tripos)/.xyz(XYZ file format)

トラジェクトリデータの読み込み

  • Amber形式(txt/netcdf)
  • CHARMM、NAMD、LAMMPS形式(.dcd)
  • GROMACS形式(.trr)

分子軌道データの読み込み

  • .cube(Gaussian)

電子密度データの読み込み

  • .cube(Gaussian)
  • .ccp4(CCP4)

3Dモデルの読み込み

  • .fbx/.dae/.3ds/.ase/.obj/.ply/.dxf/.stl

原子毎のRGB色を指定するCSVの読み込み

  • .csv/.txt

分子データの書き出し

  • .pdb/mol2(Tripos)

シークエンスの書き出し

  • FASTA形式

表示機能

表示形状の編集(分子データ)

  • ワイヤーフレーム
  • VDWボール
  • スティック
  • リボン
  • サーフィス など

カラー編集(分子データ)

  • 原子別
  • 残基別
  • 分子鎖別
  • 2次構造別
  • B-factor値
  • 電荷
  • 静電ポテンシャル(サーフィスのみ)

その他

  • Quest3と2によるパススルー表示
  • 水素結合、ジスルフィド結合の表示
  • ワイヤーフレーム/スティックによる結合の多重度の表示
  • 分子データ/分子軌道/電子密度のクリッピング表示
  • 移動操作前の分子の座標軸の表示
  • PC画面/HMDのアバターの表示/非表示
  • シークエンス(Chain ID/残基名/原子名)の可視化/原子選択

分子の編集機能

  • VRコントローラー/マウスによる編集対象の選択
  • VRコントローラー/マウスによる原子座標/系全体の平行移動と回転移動
  • 分子データの重ね合わせ
  • 分子データの複製/分離/マージ
  • アミノ酸/核酸/リガンドへの水素の付加
  • リガンドの結合と原子の追加/削除/種類変更
  • リガンドの電荷計算/構造最適化
  • アミノ酸の置換/追加
  • 分子鎖名/残基名/原子名/元素名の編集
  • アミノ酸の簡易的な極小化計算

分子シミュレーション

  • タンパク質-低分子のドッキングシミュレーション
  • リガンドの合成容易性予測

アニメーション機能

  • MDの座標トラジェクトリのアニメーション表示(複数の同時再生が可能)
  • 主鎖ドライブ(アミノ酸や核酸の主鎖原子に沿って視点を移動する機能)

注釈の表示機能

  • 原子名/残基名/分子鎖名/距離/角度/2面角などの注釈の表示

コラボレーション機能

  • ソフトウェア上のネットワーク通信で、同じ表示の分子構造を複数人で共有する機能
  • ユーザーが遠隔地にいても会話ができるボイスチャット機能
  • 他のユーザーと視点を共有する機能
  • 他のユーザーの視点操作以外の操作をLockする機能

v2.2.2 変更点・修正点

変更点

ファイル関連

  1. File Explorerを刷新

開発キット関連

  1. 開発者向けのチュートリアルの実行と元に戻す作業を、Unity上のMenuで選択できるように変更。

VR関連

  1. Meta XR Core SDKをサポート。PC VR版とMobile版をサポート。(ご利用の際はQuest3と2の開発者モードで使うことが前提になります)
  2. Meta XR Core SDKのパススルー機能を追加。
  3. MetaXRとWaveXRのMobile用のapkを通常のインストールメディアに同梱。
  4. apkのインストールに使うスクリプト(Install.bat)を追加。
  5. XR Interaction Took Kitを使いVRコントローラーの操作を一元化。

修正点

ファイル関連

  1. 旧版の.scenesを開き再保存すると、再保存した.scenesを開いた時にエラーが出る不具合を修正。

開発キット関連

  1. 開発キットのインストール用スクリプトを改良。

v2.1.1 変更点・修正点

変更点

ファイル関連

  1. ドラッグ&ドロップによるファイルの読込に対応。
  2. ccp4の電子密度の読込に対応。

分子の編集、シミュレーション関連

  1. 分子鎖名/残基名/原子名/元素名の編集機能を追加。
  2. アミノ酸の簡易的な極小化計算機能を追加。
  3. 原子の選択に「反転選択」ボタンを追加。

VR関連

  1. SteamVR版でQuest 3のQuest Linkに対応。
  2. SteamVR版でPICO 4のStreaming Assistantに対応。

開発キット関連

  1. il2cppのビルドに対応
  2. 開発キットのインストール手順をスクリプトで簡略化。

その他

  1. ユーザーズガイドとクイックスタートガイドのチュートリアルを動画に変更。

修正点

ファイル関連

  1. 旧版の.scenesが読み込めない不具合を修正。

表示、アニメーション関連

  1. 分子鎖の色分けに使う色数を追加。
  2. リボンの表示でSheetに小さい穴が表示されることがある不具合を修正。
  3. 主鎖ドライブ機能の不具合の修正。

分子の編集、シミュレーション関連

  1. マウスの右クリック操作でモデルをz軸方向に移動できるように改善。

VR関連

  1. HUD(ヘッドアップディスプレイ)のレイアウトを調整。
  2. WaveXR版で床の位置を調整。
  3. その他細かい不具合を修正。

v2.0.9 変更点・修正点

変更点

表示、アニメーション関連

  1. テキストファイルにより[分子の形状/色]タブの詳細な色分けを編集できるように変更。(MolCollabo.exeと同階層にある「Dictionaries」フォルダのテキストファイルを編集します)

コラボレーション関連

  1. [ファイル]タブの[他者の操作をLock]ボタンから、コラボレーション中の他者の、視点移動以外の操作をLockできる機能を追加。
  2. Serverの通信先をGUIから変更する機能([ファイル]タブ→[接続設定]→[IPアドレス])を追加。

VR関連

  1. VRコントローラーの操作モードの初期設定を[ウォークスルー]に変更。

開発キット関連

  1. UnityのResourcesによるファイル管理が非推奨のため、Addressablesを使うように変更。
  2. 使用メモリ削減のためUnityEngine.Colorを、UnityEngine.Color32に置換。

その他

  1. ユーザーズガイドとクイックスタートガイドのチュートリアルを拡充。
  2. htmlの一部ドキュメントをユーザー向けWebで公開。

修正点

ファイル関連

  1. 3Dモデルの読込でz軸が反転する不具合を修正。
  2. 通信なしの時に、Sceneの読込でWaitCursorが消えない不具合を修正。

開発キット関連

  1. HUDのLayerを修正。

v2.0.7 変更点・修正点

変更点

ファイル関連

  1. 原子のRGB色を指定する.csvの読み込み機能を追加
  2. 読込時にファイル中のCONECT行以外の結合を自動生成しないPDBのImporterを追加

VR関連

  1. VIVE Focus 3(独立型HMD用の.apk)に対応

修正点

表示、アニメーション関連

  1. 分子のモデルで[指定色]の色を適用後に、原子の選択を行い、表示形状を選ぶと、表示形状が選択原子以外にも適用される不具合を修正。

v2.0.6 変更点・修正点

変更点

ファイル関連

  1. .xyzの読み込み機能を追加

VR関連

  1. VIVE Focus 3(VIVE ビジネスストリーミング機能)に対応
  2. SteamVR用の実行ファイルにて、PC画面の全画面表示をウィンドウによる表示に変更。

表示、アニメーション関連

  1. 分子の移動操作前の座標軸を表示する機能を追加
  2. PC画面/HMDのアバターの表示と非表示を切り替える機能を追加
  3. プレイヤーの処理をlockする時に、どのプレイヤーがlock中か、プレイヤー名を表示するように変更。

修正点

ファイル関連

  1. ファイル読込中に操作モードを切り替えるとハングする不具合を修正。
  2. 原子数1個の分子軌道を読み込んだ時に、読込直後のカメラのズーム操作に失敗する不具合を修正。
  3. Sceneを復元したときにClipplaneの位置が復元されていない不具合を修正。

分子の編集、シミュレーション関連

  1. ネットワーク接続したまま終了すると例外が発生していたため修正。
  2. 合成容易性予測が計算が途中で止まる不具合を修正。
  3. モデルの回転/移動と、化合物の編集を同時にONにして、Scene上をマウスドラッグ/VRコントローラー操作するとエラーが出る不具合を修正。
  4. 構造最適化に失敗したときにWaitCursorが消えなくなる不具合を修正
  5. 元に戻す/やり直すの回数の上限によって、Editが削除されOnDestroyによってオブジェクトが削除されると、そのあとの操作でエラーが発生することがある

表示、アニメーション関連

  1. Trajectoryがあるときに、原子のPopupの位置がずれる不具合を修正。
  2. Trajectory再生の1フレーム送る/戻す機能で1フレーム前または後のColliderが有効になる不具合を修正。
  3. 分子名が長いとUIから文字がはみ出す不具合を修正。
  4. HMDなしのPC2台にて、[プレイヤーを自分の視点に招待]をAllで実行するとエラーが出る不具合を修正。
  5. ClipPlane移動後、ClipPlaneのBoundingBoxとPivotが更新しない不具合を修正。
  6. PC画面のカメラが、他のPC画面のカメラを視点に招待した時、Rotationが一致しない不具合を修正。
  7. Trajectoryのある分子で水素をつけた後、形状や色を変更するとエラーが出る不具合を修正。
  8. Trajectoryの「再生するフレーム」を設定したときに「フレーム」のSliderの末尾のフレーム数が変わらない不具合を修正。
  9. あるプレイヤーが行った編集を、別のプレイヤーがUndo/RedoするとWaitCursorが消えなくなる時がある不具合を修正。
  10. Trajectory再生で「再生するフレーム」変更時に、下限上限のフレームを感知して、再生中のフレームを移動するように変更。
  11. TrajectoryのModelの名前をファイル名に変更。
  12. Trajectoryの再生速度を正のfloat値で設定できるように修正。
  13. 原子座標をユーザー操作で移動した後、視点位置によって分子が意図しない位置でカリングされる不具合を修正。

コラボレーション関連

  1. ネットワーク接続したまま終了すると例外が発生していたため修正。
  2. 複数プレイヤーで同時に形状などを変更した時にWaitCursorが消えなくなる不具合を修正。
  3. 通信中、主鎖ドライブのUIが操作できなくなる不具合を修正。
  4. 通信中、他のプレイヤーと同じ視点で見た時に通信相手のアバターの目玉のモデルで映像が隠れてしまう不具合を修正。
  5. Serializerに関連した不具合を修正。Scene共有時にDeserializeでエラーが出る不具合を修正。

開発キット関連

  1. 開発キットセットアップ後、LayerやSortingLayerの設定が外れてしまう不具合を修正。

VR関連

  1. VRコントローラーによるグリップ操作のUndoが正常に行われない不具合を修正。
  2. ドッキング計算中等、処理中にTriggerボタンを長押しするとエラーが出る不具合を修正。
  3. VRコントローラーがjoystickの時、stickによるスケール操作が正常に動かない不具合を修正。
  4. ネットワーク接続したまま終了すると例外が発生していたため修正。

その他

  1. pdfのドキュメントを廃止し、htmlに一元化。

v2.0.3 変更点・修正点

変更点

ファイル関連

  1. 3Dモデル(.fbx/.dae/.3ds/.ase/.obj/.ply/.dxf/.stl)の読込機能を追加
  2. ファイルの読込のダイアログにフォルダのショートカットを作る機能を追加

表示、アニメーション関連

  1. ワイヤーフレーム/スティックによる結合の多重度の表示機能を追加
  2. 分子データ/分子軌道/電子密度のクリッピング表示機能を追加
  3. GUI(グラフィカルユーザーインターフェース)とプレイヤーのアバターを刷新
  4. VRコントローラーでワールドの原点をグリップして移動する機能を追加
  5. MDの座標トラジェクトリを複数同時に再生できる機能を追加

分子の編集、シミュレーション関連

  1. 分子データの複製/分離/マージ機能を追加
  2. アミノ酸/核酸/リガンドへの水素の付加機能を追加
  3. リガンドの結合と原子の追加/削除/種類変更機能を追加
  4. リガンドの電荷計算/構造最適化機能を追加
  5. タンパク質-低分子のドッキングシミュレーション機能を追加
  6. リガンドの合成容易性予測機能を追加

コラボレーション関連

  1. コラボレーションの途中参加時にSceneを共有する機能を追加

開発キット関連

  1. LAMMPSのdataのインポーターのチュートリアルを追加

v1.2.0 変更点・修正点

変更点

ファイル関連

  1. myPresto sievgeneのプローブ点のデータのインポーターと表示機能を追加。

修正点

コラボレーション関連

  1. ネットワーク接続したまま終了すると例外が発生していたため修正。
  2. 通信時にデータ受信側で「ファイル~は存在しません」と表示される不具合を修正。

v1.1.0 変更点・修正点

変更点

表示関連

  1. ヘッドマウントディスプレイを接続せずに、PCのデスクトップ画面のみで使用可能なMolCollaboをサポート。
  2. 分子/電子密度/分子軌道のSurface表示に透過率の設定を追加。
  3. MDのトラジェクトリーの再生を原子の位置に合わせて移動する機能を追加。
  4. 入力欄にスケールを入力してモデルのスケールを変更する機能を追加。
  5. スティックのキャップを非表示にして、表示コストを下げる機能を追加。

VR関連

  1. Oculus Quest 2/Oculus Questをサポート。
    (Oculus Link使用時のみ利用可能)
  2. VIVE Focus Plusをサポート。

開発キット関連

  1. SteamVRのv2のアセットに対応
  2. SteamVRのSingle Pass のレンダリングをサポート
  3. 3Dモデル(.obj)をMolCollaboに表示するチュートリアルを追加

修正点

表示、アニメーション関連

  1. PDBの読み込みを高速化。
  2. Sceneの保存が遅い不具合を改善。
  3. 分子軌道/電子密度の表示を高速化。
  4. MDのトラジェクトリーの再生を高速化。
  5. MDのトラジェクトリーの再生機能のUIの挙動の不具合を修正。
  6. MDなどで使う特殊な残基名をアミノ酸の辞書に追加。
  7. Surface表示の[表面のみ]のオプションが正常に動かない不具合を修正。
  8. 分子軌道をドット表示にして、しきい値のスライダーを右端にして更新するとWaitCursorが消えない不具合を修正。
  9. 原子の配色の一部を修正。
  10. リボンの表示の一部で途切れて表示される部分を修正。
  11. 原子の注釈のあるシーンを保存して復元すると注釈の位置がずれる不具合を修正。
  12. シェーダーのライティングを修正。分子を見る向きによって、暗く表示されてしまう不具合を改善。
  13. その他細かい不具合を修正。

コラボレーション関連

  1. 同じタイミングで複数のプレイヤーがUndoをしたときに、同期ずれやエラーが出る不具合を修正。
  2. [プレイヤーの視点に移動][他プレイヤーの視点]の機能でプレイヤー名の表示がおかしい不具合を修正。
  3. プレイヤーのデータの読込を待機中、1人が読み込みに失敗した時などに他プレイヤーがハングする不具合を修正。

VR関連

  1. Facebook社のOculus Go、GearVRの販売終了に伴いサポートを廃止。

v1.0.0 変更点

表示、アニメーション関連

  1. GUIのレイアウトを刷新。
  2. Desktopの視点とHMDの視点を分離し、Desktop/HMD両用の表示ソフトウェアに変更。
  3. Oculus Go/Galaxy Gear VRに対応。
  4. macromolecular Crystallographic Information File .cif の読込に対応。
  5. PDBIDによる.pdb/.cifのダウンロード機能を追加。(pdbが存在しない場合はmmCIFを自動取得する)
  6. .pdb/mol2/FASTAの保存機能を追加。
  7. 複数のシーンをMolCollabo独自の形式で保存する機能を追加。
  8. Gaussian .cubeの分子軌道/電子密度データの読込/表示機能を追加。
  9. 注釈の表示機能を追加。
  10. 背景画像の設定機能を追加。
  11. 分子の重ね合わせを行うUIを追加。
  12. MDの座標トラジェクトリーの再生/逆再生/対象データの選択などを行うUIを追加。
  13. 主鎖ドライブ(アミノ酸の主鎖原子に沿って、視点をアニメーションのように移動する)機能を追加
  14. 操作対象として選択中の原子をハイライト表示する機能を追加。
  15. 操作対象として選択中の原子をDesktop/HMDの画面中央に表示する機能を追加。

VR関連

  1. HMDの移動速度の調整機能を追加。

開発キット関連

  1. Unity用の開発キット(Asset)を公開。
  2. ドキュメントを刷新。開発者向けの資料とチュートリアルを追加。APIのリファレンス資料を追加。

v0.1.6 変更点

表示、アニメーション関連

  1. 下記の分子データの読み込み/書き出しに対応。
    • Protein Data Bank形式 .pdb
    • Tripos社 分子ファイル形式 .mol2
  2. トラジェクトリデータ(Amber .mdcrd)の読み込みに対応
  3. 下記の分子形状の表示をサポート。
    • VDWボール
    • スティック
    • リボン
    • サーフィス など
  4. 下記の分子のカラーの編集機能をサポート。
    • 原子別
    • 残基別
    • 分子鎖別
    • 2次構造別別
    • B-factor値 など
  5. 電子密度/分子軌道の表示機能をサポート。
  6. 分子の移動/回転機能をサポート。
  7. コラボレーション機能をサポート。
  8. ボイスチャット機能をサポート。
  9. 水素結合の表示と計算機能をサポート。

ご注意ください

  • 上記に記載の会社名および商品名は、各社の登録商標または商標です。

対応HMD(ヘッドマウントディスプレイ)

PC接続型HMD

  • Meta Quest3/Quest2 (※Quest Linkで利用可能)
  • PICO PICO 4(※Streaming Assistantで利用可能)
  • HTC VIVE Focus 3 (※VIVE Business ストリーミングで利用可能)
  • HTC VIVE Cosmos/VIVE Pro 2

ご注意ください

  • HMD1台につきPC1台が必要です。複数人数でコラボレーションをする場合や複数台のHMDをご利用の場合等、各HMDそれぞれに、個別にPCとの接続が必要です。
  • 旧型のHMD(Meta Quest/Rift S/RiftやVIVE Pro/VIVE)でも使用できます。
  • 上記HMDの利用には、事前にドライバーソフトウェアのインストールと、WEBから無料ユーザーアカウントの作成が必要です。
  • HTC VIVE Cosmos/Pro 2/Pro/VIVEは赤外線センサーで頭の動きの検知(ヘッドトラッキング)を行います。それ以外はHMD内蔵のカメラでヘッドトラッキングを行います。

独立型HMD

  • Meta Quest3/Quest2
  • HTC VIVE Focus 3/Plus

ご注意ください

  • 独立型HMDはPC接続型に比べCPU/GPUの処理速度やメモリに制限があります。
  • Quest3/Quest2は開発者モードに変更することが前提となります。

PC接続型HMDの接続用PC

推奨スペック
CPU Intel Core i5-4590以上 または AMD FX 8350以上

GPU

NVIDIA GeForce GTX 1060以上 または AMD Radeon RX 480以上

メモリ

8GB以上

OS Windows 10/11

映像/USBポート

使用するHMDによって異なります。

ご注意ください

  • PC接続型HMDでご利用の場合は、電源や配線等の配慮が必要になります。

Unity用 開発キット

  • Unity 2022.3.0f1 以降
  • .Net Standard 2.1

ご注意ください

  • Unity 2023以降は非推奨です。
  • 上記に記載の会社名および商品名は、各社の登録商標または商標です。

価格

教育機関 キャンペーン特別価格 ¥98,000 (税別)
公的研究機関
民間企業
¥250,000 (税別)

PCのMACアドレス、またはVRデバイスのシリアル番号に固定されたライセンスです。サイトライセンスをご希望の場合はお問い合わせ下さい。

ご注意ください

  • コラボレーション機能を使用する場合は2ライセンス以上が必要です。
  • 開発キットをご利用の場合、Unityの有償ライセンスが必要になる場合がございます。
  • ライセンスは買取です。無償保守がご購入後1年間付属します。保守期間中のバージョンアップと電話やメールのサポートは無料です。無償保守期間終了後の保守は有償 (教育機関1ライセンス税別\30,000/年、公的研究機関/民間企業1ライセンス税別\62,500)となります。

ご注文方法

ご注文の際はこちらからお問い合わせください。

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