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myPrestoで計算できるもの・計算できないものが知りたい

シミュレーションに使う様々なパラメータをまとめたファイルをトポロジーファイルといい、シミュレーションをする系毎に作成します。

MF myPrestoがインストールしてあるフォルダで、「myPresto/tplgene/DB」のフォルダにあるファイルがトポロジーファイルを作るときに参照するmyPrestoのDBファイル(テキストファイル)です。

C99_aa/C96_aa/charmm19_aa/charmm22_aa/OPLS_aa.tplのファイルにアミノ酸のパラメータが記載されており、いずれかのDBを使い、アミノ酸のトポロジーファイルを作成するようになっています。

DBファイル冒頭に羅列された残基名が処理可能な残基で、DBに残基名がなければエラーになります。

注釈

C99_na/C96_na.tplは核酸、cl/na.tplはCl/Na。metals.tplは金属。tip3p/tip4p.tplは水のDBファイルです。


アミノ酸/核酸/イオン/金属/水以外の分子(化合物など)は、myPrestoで用意されている、AmberのGAFFの力場を基に作成した力場で処理されます。こちらはmol2ファイルのatom type/bond typeという値を基に、パラメータを割り振る仕組みになっており、GAFFのatom typeにないような原子があるとトポロジーファイルを作成できません。(http://ambermd.org/antechamber/gaff.html#atomtype)

注釈

PDBファイルに含まれる化合物はatom type/bond typeが記述されていません。[リガンド編集]タブの[Hを生やす]を実行して末端の水素を生やし、[電荷計算]からatom type/bond typeを割り当てた後、トポロジーファイルを作る必要があります。